La Chiesa di Santa Maria d'Apollonia è uno dei monumenti architettonici del culto medievale più importanti in Albania. Costruito sulle fondamenta di un antico tempio pagano, rappresenta una parte importante della storia e del patrimonio culturale del Paese.
La costruzione della chiesa, in assenza di un'iscrizione sottostante che ne comprovi l'esatta data di costruzione, è diventata oggetto di molti studi e speculazioni da parte di storici e architetti. Tuttavia, alcuni aspetti importanti della sua storia e della sua architettura sono testimoniati attraverso iscrizioni, murali e stile architettonico.
Sulla parete occidentale della chiesa è posto un importante affresco, raffigurante la famiglia imperiale bizantina di Michele VIII Paleologo. L'affresco mostra che l'imperatore Mihali VIII (1259-1281) presentò a Santa Maria il modello della chiesa, dimostra che fu lui il fondatore della ricostruzione della chiesa negli anni 1272-1282. Questa testimonianza è un altro dato che dimostra che la chiesa è antica e aveva un ruolo importante nella società feudale della zona.
L'architettura del complesso del Monastero di Santa Maria comprende la chiesa principale, la cappella di San Mitra, lo skevophylakion (luogo dei vasi di culto), il trapezio, il campanile e le pensioni costruite nel XVIII secolo. La chiesa è composta da esonartece (portico), nartece, navata e altare. La parete ovest dell'esonartece fu aggiunta successivamente ed è formata da un colonnato romanico, secondo un impianto insolito per una chiesa bizantina.
La ricercatrice italiana Patricia Balenci ha affermato che il colonnato della chiesa è identico a quello della Chiesa di San Benedetto a Conversane in Puglia, Italia. Ciò ha portato a ipotizzare che il portico della chiesa di Santa Maria sia stato costruito durante la conquista normanna di Napoli, forse durante le prime spedizioni in Albania dell'XI secolo.
L'edificio della chiesa è realizzato in due generazioni: la parte inferiore è costruita con antiche pietre squadrate, mentre la parte superiore è costituita da mattoni legati con malta, prelevati da antiche rovine. La navata è di forma quadrangolare ed è separata dall'altare da un'iconostasi lignea.
Sulle pareti della chiesa sono presenti numerose iscrizioni che forniscono importanti informazioni storiche, tra cui un'iscrizione del 1250 ed altre successive relative a diversi anni ed eventi importanti della storia della chiesa e del paese.