Die Kirche der Heiligen Maria von Apolloni ist eines der wichtigsten architektonischen Denkmäler des mittelalterlichen Kults in Albanien. Sie wurde auf den Fundamenten eines alten heidnischen Tempels erbaut und stellt einen wichtigen Teil der Geschichte und des kulturellen Erbes des Landes dar.
Der Bau der Kirche ist, da keine Inschrift vorhanden ist, die das genaue Datum des Baus belegt, Gegenstand zahlreicher Studien und Spekulationen von Historikern und Architekten geworden. Einige wichtige Aspekte ihrer Geschichte und Architektur werden jedoch durch Inschriften, Wandmalereien und den Baustil belegt.
An der Westwand der Kirche befindet sich ein wichtiges Fresko, das die byzantinische Kaiserfamilie von Michael VIII. Paleologus darstellt. Das Fresko zeigt, dass Kaiser Michael VIII. (1259-1281) der Heiligen Maria das Modell der Kirche überreichte, es zeigt, dass er der Gründer des Wiederaufbaus der Kirche in den Jahren 1272-1282 war. Dieser Beweis ist ein weiterer Beleg dafür, dass die Kirche alt ist und eine wichtige Rolle in der feudalen Gesellschaft der Gegend spielte.
Die Architektur des Klosterkomplexes der Heiligen Maria umfasst die Hauptkirche, die Kapelle der Heiligen Mitra, das Skevophylakion (Ort der Kultgefäße), das Trapez, den Glockenturm und die im 18. Jahrhundert erbauten Gästehäuser. Die Kirche besteht aus Exonarthex (Portikus), Narthex, Kirchenschiff und Altar. Die Westwand des Exonarthex wurde später hinzugefügt und besteht aus einer romanischen Kolonnade, die auf einem für eine byzantinische Kirche ungewöhnlichen Grundriss basiert.
Die italienische Forscherin Patricia Balenci hat festgestellt, dass die Kolonnade der Kirche mit der der Kirche des Heiligen Benedikt in Conversane in Apulien, Italien, identisch ist. Dies hat zu der Theorie geführt, dass der Portikus der Kirche der Heiligen Maria während der normannischen Eroberungen Neapels gebaut wurde, möglicherweise während ihrer ersten Expeditionen nach Albanien im 11. Jahrhundert.
Der Kirchenbau wurde in zwei Generationen errichtet: Der untere Teil besteht aus alten behauenen Steinen, während der obere Teil aus mit Mörtel verbundenen Ziegeln besteht, die aus alten Ruinen stammen. Das Kirchenschiff hat eine viereckige Form und ist durch eine hölzerne Ikonostase vom Altar getrennt.
An den Wänden der Kirche befinden sich zahlreiche Inschriften, die wichtige historische Informationen liefern, darunter eine Inschrift aus dem Jahr 1250 und weitere spätere Inschriften, die sich auf verschiedene Jahre und wichtige Ereignisse in der Geschichte der Kirche und des Landes beziehen.